奥特曼格斗进化3手机版游戏里将会出现14位角色可供玩家选择，包括有老一辈的动漫们广为熟悉的“咸蛋超人”们——Ultraman、Ultraman Leo、Ultraman Taru、Ultraman Jack、Ultraman Seven、Ultraman Ace、King Joe、Acekira、Space Ninja等等。 游戏的进行方式在2D格斗和3D格斗间不断切换，当玩家对敌人的伤害达到一定的程度的时候，玩家就可以使用积累的超能量，给于敌人超炫的最后一击。

奥特曼格斗进化3游戏模式

奥特模式（ウルトラモード/ ULTRA MODE）

初始关卡10关，达成一定条件后追加新的关卡和人物。每关与原作的情节大致相同，收录的都是各作中的经典战斗。即故事模式、剧情模式。

战斗模式（バドルモード/ BATTLE MODE）

选择奥特曼或怪兽连续对战五个对手。前4个对手随机，最后的对手多为剧情对手的模式，但圆盘生物、加坦杰厄、高斯、雷杰多不会遇到。

对战模式（VSモード/ VS MODE）

使用各角色进行对战。分为对2P和对CPU。初始可选人物与战斗模式相同。

联手作战模式（タッグモード/ TAG MODE）

选择两名奥特曼同时与一个敌人进行战斗。需要两个玩家。

奥特曼格斗进化3游戏操作

□——普通攻击，连按为连续进攻，可配合方向键使出不同招数（飞踢等），命中对手可使眩晕槽（HP下面的红槽）上涨。

△——重攻击，可配合方向键使出不同招数，命中效果比普通攻击好。

〇——超重击，释放必杀技所必须。按下后角色会使出超重攻击，命中对手后，根据对手眩晕槽值的多少，来决定自己必杀技的准备时间。此时可按相应按键来发出必杀技。

X——投技。与敌近身时按下后可使出摔投等技巧。如果按下后再按其他键便可使出不同种类的投，如过肩摔，过顶摔，龙卷式等等。

R1，L1，R2，L2是小技能，可以自己设定

一般情况下：

R1：可发出远距离牵制性光线，命中敌人可增加其不少眩晕值；

L1：召唤各战队飞机进行援护攻击（一次，增加对手的眩晕值，作用不大，雷欧的一次全满，只针对怪兽）；

R2，L2：平成系奥特曼变换。(R2为变红，蓝，还原；L2为变蓝，红，还原；如果变红，按L2还原，如果变蓝，按R2还原。只限迪加，戴拿，盖亚V2和勒修巴斯）

方向键：

上————跳，连按两下或轻点一下为顺时针移动，用来回避攻击

下————蹲，连按两下或轻点一下为逆时针移动，用来回避攻击

左————后退或防，连按两下为后手翻

右————前进或防，连按两下为跑（PS：跑中按X可使出“骑”）

START————游戏暂停或退出

注：一般，模拟器的“上”为"W"键，"下"为“S”键，"左"为“A”键，"右"为“D”键，“□”为“J”键，“△”为“U”键，“○”为“I”键，“X”为“K“键，“R1”为“L”键，“L1”为“N”键，“R2”和“L2”分别为“O”于“M”键，最后，“START”键为“1”（有感叹号那个）

2P“上”为"↑"键，"下"为“↓”键，"左"为“←”键，"右"为“→”键，“□”为“1”键，“△”为“4”键，“〇”为“5”键，“X”为“2“键，“R1”为“3”键，“L1”为“9”键，“R2”和“L2”分别为“6”与“8”键（2P均为小键盘）。